广州番禺经济技术开发区管理委员会设3个内设机构。
1.办公室。负责机关党务、政务及日常事务的管理;负责拟订内部管理规章制度;负责文电、会务、机要、组织人事、财务、档案、督办等机关日常工作;承担信息、安全、保密、信访、政务公开等工作;负责重要活动的策划、筹备、组织和对外联络、咨询工作;负责重要文件的起草;承担管委会交办的其他事项。
2.规划建设科。负责拟订汽车城总体规划、详细规划发展纲要以及汽车城发展的长期、中期规划和年度工作计划;负责拟订汽车城的土地开发计划,协调有关职能部门办理用地储备、用地出让、征地拆迁、补偿安置、留用地开发等工作;对入驻汽车城企业提供指导和服务;对汽车城开发建设工作进行组织、协调、督促和检查;负责协调有关部门和属地政府在汽车城的行政管理事务、社会管理事务和公共服务工作;配合开展科技企业培育工作,协调推进产学研协同创新,各类科技项目的申报、管理和奖励等促进科技创新工作;协调相关部门开展生态环境保护和应急管理等工作;承担管委会交办的其他事项。
3.产业发展科。负责统筹协调项目招商引资等产业发展工作,拟订年度产业招商目标任务;组织参与制定产业招商政策、项目扶持协议,拟订相应措施鼓励吸引汽车产业相关企业入驻汽车城;协助有关部门组织实施开发区的财政统筹和国有资产管理等财资管理工作,负责企业扶持资金的申报和审核;统筹组织策划汽车产业招商引资活动,开展对外合作交流;承担管委会交办的其他事项。